시스템 개발 외주에 보조금을 쓸 수 있는가 ── 목적별 제도 맵과 발주 전에 알아 둘 함정(2026년도판)

시스템 개발 외주를 검토하는 경영자나 담당자에게서 「IT 도입 보조금을 쓸 수 있다고 들었는데요」라는 상담을 받는 경우가 있습니다.

안타깝게도 이 기대는 대부분 그대로는 이루어지지 않습니다. IT 도입 보조금(2026년도부터는 「디지털화·AI 도입 보조금」으로 이름이 바뀜)은 사전에 등록된 패키지 소프트웨어나 클라우드 서비스를 도입하기 위한 제도이며, 자사 업무에 맞춰 처음부터 만드는 오더메이드 수탁 개발은 원칙적으로 대상 외이기 때문입니다.

한편 「오더메이드 개발에는 보조금을 전혀 쓸 수 없다」는 것도 오해입니다. 목적만 맞으면 모노즈쿠리 보조금이나 중소기업 생력화 투자 보조금(일반형)처럼 수탁 개발을 대상으로 할 수 있는 제도가 있습니다.

이 글에서는 시스템 개발을 외주하는 쪽의 관점에서, 2026년도 시점의 주요 제도를 목적별로 정리하고 발주 전에 알아 둘 함정을 모았습니다.

다만 보조금 제도는 연도와 공모 회차마다 요건·금액·일정이 바뀝니다. 이 글의 내용은 2026년 7월 시점의 공개 정보에 따른 것이므로, 실제 신청 시에는 반드시 각 제도의 최신 공모 요강을 확인하시기 바랍니다.

1. 먼저 결론 ── 목적별 제도 맵

시스템 개발·IT 투자의 목적별로, 검토의 출발점이 되는 제도를 정리하면 다음과 같습니다.

이름이 비슷한 제도가 이어지므로, 같은 제도를 다른 축으로도 정리해 두겠습니다. 제도를 나누는 것은 등록된 기성품에서 「고르는」 제도인지, 자사 맞춤으로 「만드는」 것을 대상으로 할 수 있는 제도인지라는 축과, 제도가 무엇을 위한 투자를 지원하는지라는 축, 두 가지입니다.

위 두 가지는 등록된 것에서 고르는 제도, 아래 세 가지는 자사 맞춤으로 만드는 것도 대상으로 할 수 있는 제도입니다. 「디지털화·AI 도입 보조금」과 「생력화 투자 보조금(카탈로그 주문형)」은 이름에서 받는 인상은 다르지만, 등록된 기성품을 고른다는 골격은 같고, 둘 다 오더메이드 개발에는 쓸 수 없습니다.

포인트는 다음 세 가지입니다.

• 「IT 도입 보조금(디지털화·AI 도입 보조금)」과 「오더메이드 수탁 개발」은 원칙적으로 함께 쓸 수 없습니다
• 오더메이드 개발에서 가장 유력한 후보는 모노즈쿠리 보조금과 생력화 투자 보조금(일반형)입니다
• 어느 제도에서든 교부 결정 전에 발주한 경비는 대상 외이며 보조금은 후불이라는 공통 규칙이 있습니다

제도별 내용은 2장 이후에서 차례로 설명합니다. 그 전에, 이 글에 한정하지 않고 보조금 정보를 읽을 때의 전제를 하나 확인해 두겠습니다.

1.1. 바뀌기 쉬운 정보와 바뀌기 어려운 정보

보조금 정보는 공모 회차마다 움직이는 부분과, 제도의 골격으로 당분간 바뀌지 않는 부분으로 나뉩니다. 연도가 바뀌었을 때 어디를 다시 읽으면 되는지 좁힐 수 있도록, 미리 구분해 두면 편리합니다.

금액이나 공모 회차가 적힌 서술을 보면, 그것은 그 시점의 스냅샷이라고 보고 반드시 최신 공모 요강으로 바꿔 읽으시기 바랍니다. 한편 아래쪽에 해당하는 사고방식은, 제도가 재편되어도 이어져 온 부분입니다.

그림의 실선은 항상 성립하는 관계, 점선은 조건이 붙는 관계입니다(성립 조건은 상세 페이지의 관계별 설명에 적혀 있습니다). 관계 전체 목록(총 18건, 근거와 확신도 포함)과 주요 개념의 정의는 지식 맵 상세 페이지에 정리되어 있습니다(일본어). 데이터: JSON-LD / Turtle

2. 「IT 도입 보조금으로 오더메이드 개발」이 안 되는 이유

「IT 도입 보조금」은 2026년도부터 중소기업 디지털화·AI 도입 지원사업 「디지털화·AI 도입 보조금 2026」으로 재편되었습니다. AI 도입 유형이 신설되는 등의 변화는 있지만, 제도의 골격은 구 IT 도입 보조금에서 바뀌지 않았습니다.

그 골격이란 다음과 같은 구조입니다.

• 보조 대상이 되는 것은 사무국에 사전 등록된 IT 도구(패키지 소프트웨어, 클라우드 서비스 등)
• 신청은 도구를 제공하는 등록된 IT 도입 지원사업자와 공동으로 진행합니다
• 신청자가 개발 내용을 자유롭게 정의해 「이것에 보조를」이라고 신청하는 제도가 아닙니다

즉 「우리 업무에 맞춰 수주 관리 시스템을 만들어 달라」는 스크래치 개발은, 애초 등록 도구라는 틀에 들어가지 않으므로 대상이 되지 않습니다. 사양이 확정되어 판매되는 소프트웨어를 도입하는 제도이기 때문입니다.

이 전제를 모른 채 「보조금이 나온다면 이참에 오더메이드로」 하고 검토를 진행하면, 신청 단계에서 막힙니다. 반대로 회계 소프트웨어나 재고 관리처럼 패키지로 충분한 영역이라면, 통상 유형으로 보조를 받을 수 있는, 쓰기 쉬운 제도입니다. 금액 조건은 다음과 같습니다.

• 보조액 상한은, 도입하는 IT 도구가 맡는 업무 프로세스 수에 따라 달라집니다
• 1프로세스 이상이면 5만 엔〜150만 엔 미만, 4프로세스 이상이면 150만 엔〜450만 엔
• 보조율은 원칙 1/2 이내
• 다만 최저임금 인상의 영향을 받는 사업자에 해당하는 경우는 2/3 이내

회계만, 재고 관리만처럼 단일 영역 도입이라면, 예상할 수 있는 보조액은 150만 엔 미만 구간입니다.

패키지로 충분한 업무는 디지털화·AI 도입 보조금으로, 패키지에 맞지 않는 업무만 오더메이드로 나누는 편이 제도의 골격과도 맞습니다.

3. 오더메이드 개발에서 검토할 제도

3.1. 모노즈쿠리 보조금

모노즈쿠리·상업·서비스 생산성 향상 촉진 보조금(통칭 모노즈쿠리 보조금)은 혁신적인 신제품·신서비스 개발을 위한 설비 투자를 지원하는 제도입니다. 제22차 공모의 유형은, 제품·서비스 고부가가치화 유형과, 해외 수요 개척을 하는 사업용 글로벌 유형 두 가지입니다. 「모노즈쿠리」라는 이름이지만 대상은 제조업에 한정되지 않으며, 시스템 구축비도 보조 대상 경비에 포함됩니다.

• 고객에게 새로운 가치를 제공하는 신서비스의 기반이 되는 시스템 구축
• 자사 기술이나 노하우를 살린 새 제품·서비스를 위한 시스템 개발
• 신제품 제공에 필요한, 장치·설비와 연계하는 소프트웨어 개발

처럼, 새 제품·서비스 개발과 일체가 된 시스템 투자가 사업계획에 따라 대상이 될 수 있습니다. 보조 상한액은 유형과 종업원 규모에 따라 다르며, 제22차 공모의 공모 요강(개요판)에서는 제품·서비스 고부가가치화 유형이 750만〜2,500만 엔(종업원 규모에 따름), 글로벌 유형이 3,000만 엔입니다. 여기에 더해, 대폭적인 임금 인상에 나서는 사업자용으로 100〜1,000만 엔을 가산하는 특례가 있습니다(가산에는 추가 요건이 있습니다). 보조금액에는 하한도 있으며(제22차 공모에서는 100만 엔), 보조율 1/2로 보면 보조 대상 경비로 대략 200만 엔 이상의 투자 규모가 전제입니다. 그만큼 부가가치액이나 임금 인상에 관한 요건을 동반하는 본격적인 사업계획이 요구되며, 채택은 경쟁입니다.

주의할 점은, 이 제도가 요구하는 것이 혁신적인 신제품·신서비스 개발(글로벌 유형에서는 이에 더해 해외 수요 개척을 하는 사업)이라는 점입니다. 소프트웨어 개발비가 「시스템 구축비」로 경비 구분에 들어가는 것과, 사업 자체가 대상이 되는 것은 다른 이야기이며, 공모 요강에서는 설비나 시스템을 도입하기만 하고 신제품·신서비스 개발을 동반하지 않는 것은 보조 대상 외라고 합니다. 노후한 현행 시스템의 교체나 사내 효율화만 목적이라면, 이 제도가 아니라 생력화 투자 보조금(일반형) 등을 검토하시기 바랍니다. 자사 계획이 이 제도의 목적에 맞는지는 공모 요강의 대상 사업 정의에서 확인해야 합니다.

3.2. 중소기업 생력화 투자 보조금(일반형)

중소기업 생력화 투자 보조금은 인력 부족 대응을 목적으로 한 제도로, 카탈로그에서 등록 제품을 고르는 「카탈로그 주문형」과 오더메이드 설비·시스템을 대상으로 할 수 있는 「일반형」 두 유형이 있습니다.

수탁 개발과 맞는 쪽은 일반형입니다. 일반형 제도 설명에서는 개별 업무에 맞춘 오더메이드 설비나 여러 설비의 조합에 의한 생력화 투자를 상정하며, 예를 들어 다음과 같은 개발이 후보가 됩니다.

• FAX·전화로 받던 수주의 웹화·자동 가져오기로 입력 공수를 줄이는 일
• 손으로 옮겨 적고 집계하던 일을 자동화하는 업무 시스템
• 검사·계측 장치와 연계해 사람이 하던 확인 작업을 줄이는 소프트웨어

「인력 부족 해소」라는 제도 목적에 맞춰, 자사가 실제로 인력 부족 상태임을 보인 다음, 어느 작업의 공수가 몇 시간 줄어드는지를 숫자로 제시할 수 있는 투자여야 한다는 것이 전제입니다. 노동생산성이나 임금 인상에 관한 요건(미달 시 반환 조항 포함. 지표·수치는 공모 회차마다 바뀝니다)이 있으므로, 신청 전에 공모 요강의 요건을 확인하시기 바랍니다.

「숫자로 제시한다」는 것은, 구체적으로는 현황과 도입 후를 같은 단위로 나란히 쓸 수 있게 해 두는 일입니다. FAX 수주의 웹화를 예로 들면, 정리할 항목은 다음과 같습니다. 수치는 자사에서 잰 값을 넣으시기 바랍니다(아래 ◯는 기입란이라고 읽고 주십시오).

여기서 중요한 것은 절감 시간 자체보다 수치의 근거 행입니다. 「왠지 절반이 된다」가 아니라, 어느 실적값에서 냈는지를 설명할 수 있는 형태로 두면, 사업계획서 서술도 벤더에게 내는 요건도 흔들리지 않습니다. 실제로 제출하는 양식과 필요한 지표는 공모 회차마다 바뀌므로, 기입은 공모 요강의 양식에 맞추시기 바랍니다.

FAX 수주의 웹화를 예로 든 구체적인 사고방식은, 다른 글 「생력화 투자 보조금으로 FAX 수주의 웹화는 가능한가」에서 더 파고듭니다.

3.3. 중소기업 신사업 진출 보조금

사업재구축 보조금의 후속으로, 중소기업 신사업 진출 보조금이 마련되어 있습니다. 기존 사업과 다른 신시장·고부가가치 사업으로의 진출이 대상이며, 신사업에 필요한 시스템 개발비를 사업계획의 일부로 넣을 수 있는 경우가 있습니다. 「신규 사업을 시작할 때 시스템이 필요하다」는 맥락이라면 이쪽이 후보가 됩니다.

다만 이 제도에는 보조금액의 하한이 있습니다(최근 공모에서는 750만 엔. 보조율 1/2로 보면, 보조 대상 경비가 대략 1,500만 엔 이상이 되는 사업 규모가 전제입니다). 소규모 신규 사업이나 시스템 투자만으로는 하한에 못 미치므로, 사업 전체의 투자 규모를 공모 요강의 하한액과 맞춰 본 다음 검토하시기 바랍니다.

3.4. 지자체의 지원금

국가 보조금 외에, 도도부현·시구정촌이 독자적인 DX 관련 지원금을 두는 경우가 있습니다. 금액은 국가 제도보다 작은 경우가 많지만, 경쟁률이나 요건이 느슨한 경우도 있어 지역에 따라서는 쓰기 쉬운 선택입니다. ミラサポplus의 제도 검색이나, 지자체 산업진흥 부서, 상공회의소 창구에서 확인할 수 있습니다.

홈페이지 제작 보조금에 관해서는 「중소기업의 홈페이지 제작 비용」 FAQ에서도 적었듯이, 소규모사업자 지속화 보조금의 웹사이트 관련비는 그것만으로는 신청할 수 없다는 제약이 있습니다. 사이트 제작만을 목적으로 보조금을 찾기보다, 판로 개척 활동 전체의 일부로 자리 잡는 편이 현실적입니다.

4. 발주 전에 알아 둘 공통 함정

제도 고르기만큼 중요한 것이, 어느 보조금에나 공통되는 절차상 규칙입니다. 여기를 모르고 움직이면, 대상이 되었어야 할 경비가 대상 외가 됩니다.

4.1. 교부 결정 전 발주는 대상 외

가장 중요한 규칙입니다. 많은 보조금에서는 교부 결정일보다 앞에 계약·발주한 경비는 보조 대상이 되지 않습니다. 디지털화·AI 도입 보조금의 절차 안내에서도, 교부 결정을 받은 뒤에 IT 도구의 발주·계약·지급을 한다고 명시되어 있습니다.

주의할 점은 「채택」과 「교부 결정」이 별개 절차라는 점입니다. 채택 발표 뒤에 교부 신청 심사가 있고, 교부 결정이 난 뒤에야 발주할 수 있는 제도가 많습니다. 「채택되었으니 바로 발주」도, 아직 이른 경우가 있습니다.

4.2. 보조금은 후불(정산 지급)

보조금은 개발비 지급에 쓰는 선수금이 아닙니다. 발주→검수→지급을 모두 자사 자금으로 마친 뒤, 실적 보고와 사무국 확인을 거쳐 입금됩니다(제도에 따라서는 보조금액 확정 후 정산 지급 청구 제출이 필요합니다). 개발비 전액을 일단 선지급하는 자금 계획이 필요하며, 금액이 크면 금융기관의 연결 융자도 선택지가 됩니다.

4.3. 채택 후에도 보고 의무가 이어집니다

보조 사업은 입금으로 끝나지 않습니다. 예를 들어 모노즈쿠리 보조금에서는 보조 사업 완료 후 5년간의 사업화 상황 보고가 의무입니다. 임금 인상 등 요건 미달 시 반환을 요구하는 제도도 있습니다. 모든 제도에 공통은 아니지만, 특히 대형 보조금은 「받으면 끝」이 아니라 수년간의 보고 의무와 요건 달성에 대한 약속을 떠안는 제도라고 이해해 둘 필요가 있습니다.

4.4. 보조금을 전제로 개발 범위를 부풀리지 않기

「모처럼 보조금이 나오니」 하고, 본래 목적에 필요 없는 기능까지 개발 범위에 넣는 경우가 있습니다. 보조율이 1/2이면 나머지 1/2은 자사 부담입니다. 불필요한 기능의 절반을 자비로 내고, 그 유지보수비(보통 보조 대상 외)를 앞으로 계속 부담하게 됩니다. 투자 목적과 개발 범위의 타당성은 보조금 유무와 떼어 판단해야 합니다.

개발 범위를 줄일 때는, 기능마다 다음 질문을 대입해 보면 판단하기 쉽습니다.

• 그 기능이 없어도, 이번 투자의 목적(생력화, 신서비스 제공 등)은 달성되는가
• 지금 그것이 없어서 실제로 곤란한가, 아니면 「있으면 편한」 정도인가
• 보조금이 없어 전액 자사 부담이더라도, 그 기능을 발주하는가
• 가동 후 그 기능을 매달 쓰는 사람은 누구인가. 쓰는 사람과 쓰는 장면을 구체적으로 말할 수 있는가
• 나중에 추가할 수 있는 기능인가. 첫 릴리스에 넣어야만 하는 이유가 있는가

답이 막히는 기능은 첫 개발 범위에서 빼고 다음 투자 후보로 돌린다는 정리를 할 수 있습니다. 보조 대상 경비가 줄어드는 것 자체는 손해가 아닙니다. 자사 부담액과 가동 후 유지보수비도 함께 줄기 때문입니다.

이런 일정과 계획 수립의 실무는, 후속 「보조금을 쓰는 시스템 개발의 진행 방법」에서 자세히 정리합니다.

5. 개발 벤더에게 맡길 수 있는 일·맡길 수 없는 일

보조금을 쓰는 개발에서는, 발주 측·벤더·(필요하면) 신청 지원 전문가의 역할 분담을 처음에 확인해 두면 수월합니다.

※이 표는 모노즈쿠리 보조금이나 생력화 투자 보조금(일반형)처럼, 오더메이드 개발에서 쓰는 제도를 전제로 합니다. 디지털화·AI 도입 보조금은 신청 구조가 다르며, 도구를 제공하는 등록된 IT 도입 지원사업자가 신청 마이페이지 초대나 IT 도구 정보 입력 등을 맡아 신청자와 공동으로 신청 절차를 진행합니다.

사업계획의 주체는 어디까지나 신청자인 발주 측입니다. 벤더가 할 수 있는 일은 견적서·사양 설명·구성도처럼 사실에 근거한 자료 제공과, 교부 결정일을 기점으로 한 무리 없는 개발 일정 설계입니다. 채택 여부 전망이나 제도 해석을 벤더에게 묻는 것은 역할이 다릅니다. 신청 자체에 대한 지원이 필요하면, 상공회의소·요로즈 지원거점 같은 공적 창구나 중소기업 진단사 등 전문가에게 상담하시기 바랍니다.

보조금을 쓰는 경우에도, 개발 계약 자체의 사고방식은 일반적인 수탁 개발과 다르지 않습니다. 공정별 계약 나누기는 「수탁 개발·운용 보수의 계약은 어떻게 맺어야 하는가」에서 정리합니다.

정리

• 「IT 도입 보조금(지금의 디지털화·AI 도입 보조금)으로 오더메이드 개발」은 원칙적으로 할 수 없습니다. 그 제도는 등록된 패키지/클라우드 도입용입니다
• 오더메이드 수탁 개발에서 가장 유력한 후보는 모노즈쿠리 보조금과 중소기업 생력화 투자 보조금(일반형)입니다. 신규 사업이라면 신사업 진출 보조금, 지역의 지원금도 확인합니다
• 어느 제도든, 교부 결정 전 발주는 대상 외·보조금은 후불이라는 공통 규칙이 있습니다. 모노즈쿠리 보조금이나 생력화 투자 보조금처럼, 채택 후 수년간 보고 의무가 이어지는 제도도 있습니다
• 보조금을 전제로 개발 범위를 부풀리지 마십시오. 자사 부담분과 유지보수비는 남습니다
• 사업계획의 주체는 발주 측입니다. 벤더에게 맡길 수 있는 일은 견적서나 설명 자료처럼 사실 기반의 협력까지입니다

제도는 해마다 바뀌지만, 「목적에 맞는 제도를 고르고, 교부 결정에서 역산해 계획한다」는 진행 방식은 바뀌지 않습니다. 다음 글 「보조금을 쓰는 시스템 개발의 진행 방법」에서, 일정과 사업계획 수립의 실무를 구체적으로 정리합니다.

시스템 개발 외주를 검토 중인 분께

합동회사 코무라소프트에서는 Windows 업무 애플리케이션을 중심으로 한 수탁 개발을 받고 있습니다. 보조금 이용을 검토 중이라면, 신청에 필요한 견적서·개발 내용 설명 자료·시스템 구성도 작성과, 교부 결정 후 일정에 맞춘 개발 계획 설계에 협력할 수 있습니다.

당사는 보조금 신청 대행은 하지 않으며, 채택 여부나 제도 해석에 대해서도 답할 수 없습니다. 신청 지원은 상공회의소 등 공적 창구나 중소기업 진단사 등 전문가와 상담하신 뒤, 개발 내용에 대해서는 편하게 문의해 주십시오.

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자주 묻는 질문

이 기사 주제에 대해 상담 시 자주 나오는 질문을 모았습니다.

IT 도입 보조금으로 오더메이드 시스템 개발을 할 수 있나요?

원칙적으로 할 수 없습니다. IT 도입 보조금(2026년도부터는 「디지털화·AI 도입 보조금」)은 사무국에 사전 등록된 IT 도구(패키지 소프트웨어나 클라우드 서비스)를, 등록된 IT 도입 지원사업자를 통해 도입하는 것을 전제로 하는 제도입니다. 자사 업무에 맞춰 처음부터 만드는 스크래치 개발은 등록 도구에 해당하지 않으므로 대상이 되지 않습니다. 오더메이드 개발에는 모노즈쿠리 보조금이나 중소기업 생력화 투자 보조금(일반형) 등 다른 제도를 검토합니다.

보조금은 개발비를 치르기 전에 받을 수 있나요?

대부분의 보조금은 정산 지급(후불)입니다. 교부 결정을 받은 뒤 개발을 발주하고, 검수와 지급을 마친 다음, 실적 보고와 사무국 확인을 거쳐 마지막에 보조금이 입금됩니다. 제도에 따라서는 보조금액 확정 후 정산 지급 청구 제출이 필요합니다. 즉 개발비는 일단 전액을 자사에서 선지급해야 하므로, 자금 계획(필요하면 연결 융자)을 먼저 세워 두는 것이 중요합니다.

채택되기 전에 개발을 발주해도 되나요?

안 됩니다. 많은 보조금에서는 교부 결정일보다 앞에 계약·발주한 경비는 보조 대상에서 빠집니다. 채택 발표와 교부 결정도 별개 절차이며, 채택 직후 발주도 아직 이른 경우가 있습니다. 착수 시기는 제도마다 공모 요강에서 반드시 확인하고, 개발 일정은 교부 결정일을 기점으로 짜야 합니다.

보조금 신청 서류는 벤더가 대신 써 줄 수 있나요?

사업계획의 주체는 어디까지나 신청자(발주 측)입니다. 개발 벤더가 도울 수 있는 일은 견적서, 개발 내용 설명 자료, 시스템 구성도처럼 사실에 근거한 자료 제공이 중심입니다. 신청서 대필이나 채택 여부 판단, 제도 해석은 벤더 업무 범위를 넘습니다. 신청 지원이 필요하면 상공회의소·요로즈 지원거점 같은 공적 창구나, 중소기업 진단사·행정서사 등 전문가에게 상담하시기 바랍니다.

저자 프로필

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Go Komura

합동회사 코무라소프트 대표

Windows 소프트웨어 개발, 기술 상담, 장애 조사를 중심으로 재현이 어려운 장애 조사와 기존 자산이 남아 있는 프로젝트에 강점이 있습니다.